Traditionnellement, l’élevage des porcs franc-comtois s’est développé en lien avec les fromageries, fortement implantées en montagne.
Le lactosérum, sous-produit de la fabrication des fromages locaux (notamment AOC Comté, Morbier, Mont d’Or et Bleu de Gex, mais aussi Emmental, Gruyère, cancoillotte…) était, et reste encore pour une part significative, valorisé par le biais de la production porcine, ce qui explique l’existence de nombreuses porcheries annexées à des laiteries.
Ces porcs étaient ensuite transformés en charcuteries, qui étaient fumées dans la cheminée traditionnelle des fermes comtoises (appelée tuyé), afin d’assurer leur conservation pendant les longs et rudes hivers francs-comtois.
C’est pourquoi la production charcutière s’est également développée en parallèle de la production fromagère. Aujourd’hui une trentaine d’entreprises de salaisons régionales interviennent dans la fabrication des célèbres salaisons franc-comtoises : saucisses de Morteau et de Montbéliard, jambon de Luxeuil, jambon fumé du Haut-Doubs.
Une vingtaine de fabricants d’aliments pour les porcs intervient sur la région, ce qui correspond à un volume d’aliment estimé à 65 000 tonnes.
Parallèlement, sur près de 1 000 millions de litres de lait transformés par les quelques 180 fromageries régionales, à l’origine d’environ 850 millions de litres de lactosérum, on estime que près de 20% est actuellement valorisés par la filière porcine.